牙齿变黑的原因主要有:外源性和内源性两种，其次还有其他的因素。
外源性着色：1)表面的外源性着色：一般情况下来自于咖啡、茶、烟草等，使色素分子只存在于釉质表面的蛋白质层内，通过机械的方法可以去除干净。2)穿透的外源性着色：色素分子通过牙釉质基质中的许多显微隙和小孔，进入牙釉质内部，引起牙齿变色.这种变色无法用机械方法去除，只能用化学方法清除.化疗病人常出现药物引起的牙齿着色。
内源性着色：内源性着色是指牙釉质和牙本质的发育过程中在基质中混合了带色素的有机物大分子而引起的着色。
1)与药物有关的变色(如四环素牙)：四环素分子与釉质基质中的钙发生螯合作用，形成四环素正磷酸盐，经曝光照射后变色.照射时间越长，颜色越深。
2)与矿化有关的变色(如氟斑牙)：长期报入超过1～2ppm的氟会使发育中的釉基质钙化发生障碍，出现矿化不全的多孔状区域和过度硫化区域，临床上表现为棕色或白色的条纹。
3)全身性因素的变色：全身性疾病或遗传病可引起釉质发育不全，表现为釉质带状缺损和斑点状缺损.婴儿期黄疸会使牙本质变成兰绿色或褐色，血液病时血细胞破坏会使牙齿变褐色。
外伤:牙齿受到碰撞后可引起髓室内出血，含铁血黄素沉积在牙本质小管，使牙齿变成暗灰色.这样的牙齿往往还有活力，但有些则发生坏死，需做根管治疗。
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